Il trattato è suddiviso in libelli, partes e capita. La prima parte è intitolata: De corpore naturali generatim consideratio; particolare è il Caput septimus De chimicormum elementis, dove il testo è intervallato da disegni di boccette e alambicchi. Segue il Codex primus, de parte tertia philosophiae: si parla di ignis, acqua et tellus degli atomi, delle teorie di Cartesio, di metafisica, dell’infinito, di Aristotele, del vuoto, della natura del moto ecc. Troviamo poi un Tractatus de mundo et caelo, dove si tratta di astronomia, del sistema tolemaico confrontato con quello copernicano, del sole, della luna, delle comete, delle stelle fisse, del globo terracqueo, della salsedine del mare, dell’origine di fonti e fiumi, del magnetismo, del fuoco sotterraneo e dei terremoti ecc. In fondo al Codex ci sono numerosi disegni: la rappresentazione tolemaica (geocentrica) del sistema solare, quella copernicana (eliocentrica), alcune costellazioni, fasi lunari ed eclissi ecc. Inizia poi la sezione intitolata: De Metheoris, che riguarda l’atmosfera, le nubi, la pioggia, la neve, la grandine, i tuoni, i lampi, i fulmini, i venti ecc. Molto interessante è il Caput nonus, De impressionibus emphaticis et primo de iride, dove vengono affrontati i fenomeni legati alla rifrazione della luce, compreso l’arcobaleno e l’alone solare; le spiegazioni tecniche sono accompagnate da alcuni disegni: la deviazione della luce nell’acqua in un calice, in un vaso di vetro, in un prisma e in una sfera e infine, artistiche raffigurazioni dell’arcobaleno sotto pioggia e nubi e dell’alone solare.