Influenzato dalla pittura di Pontormo e di Vasari, esempi ben diversi tra di loro, Naldini sviluppò uno stile fatto da colori sfumati che trovò il suo culmine nei riquadri dello studiolo di Francesco I in Palazzo Vecchio, apici della sua prima fase. Successivamente rivolto verso la pittura di Vasari sviluppò una ricerca di monumentalità che caratterizza la Pietà nella chiesa di San Simone e nelle pale di Santa Croce e Santa Maria Novella. A volte "venato di malinconia" come nella Pala Pucci a Granaiolo, Naldini dopo un soggiorno romano (1577-80) avvertì le regole più severe della Controriforma.
